Het Rekenhof houdt het hele jaar zitting. De algemene vergadering komt wekelijks samen, net zoals de Nederlandse en de Franse kamer. De eerste voorzitter kan echter ook in dringende gevallen of op verzoek van twee leden, buitengewone algemene vergaderingen bijeenroepen. Hetzelfde geldt voor de kamers. De zittingen zijn niet openbaar.
Het Rekenhof is een college en functioneert ook als dusdanig. Om geldig te beraadslagen en te beslissen moet de meerderheid van de stemgerechtigde leden van de algemene vergadering en de kamers aanwezig zijn. Zij beslissen bij volstrekte meerderheid van stemmen. Bij staking van stemmen is de stem van de fungerende voorzitter beslissend. De griffiers notuleren de vergaderingen maar zijn zelf niet stemgerechtigd.
De controles worden verricht door de auditeurs en de controleurs. Zij rapporteren erover aan een raadsheer die wordt aangewezen door de eerste voorzitter of de voorzitter en stellen opmerkingen en aanbevelingen voor. De controledossiers worden vervolgens onderzocht door de kamer of de algemene vergadering die erover beslist.
Het Rekenhof neemt rechtstreeks contact met de algemene besturen. Het is gemachtigd zich alle documenten en inlichtingen, van welke aard ook, over het beheer van de diensten en instellingen die aan zijn controle onderworpen zijn, te doen verstrekken. De bevoegde overheid is verplicht binnen een maand te antwoorden. Die termijn kan door het Rekenhof worden verlengd. Het Rekenhof voert geen briefwisseling over zijn dossiers met particulieren of privéondernemingen.